Dahulu kala di puncak Gunung Kelimutu, hiduplah dua tokoh sakti yang memiliki sifat bertolak belakang. Ata Bupu adalah seorang tetua yang bijaksana, sementara Ata Polo adalah seorang penyihir kejam yang gemar memangsa manusia. Meski berbeda kasta moral, keduanya hidup berdampingan dengan damai karena saling menghormati kekuatan satu sama lain.

Kedamaian itu mulai terusik ketika sepasang anak yatim piatu datang memohon perlindungan kepada Ata Bupu. Mereka ketakutan karena merasa diincar oleh Ata Polo. Karena iba, Ata Bupu setuju melindungi mereka, namun dengan syarat ketat: mereka tidak boleh keluar dari area ladang agar tidak tercium oleh indra penciuman Ata Polo yang tajam.

Sayangnya, suatu hari Ata Polo berhasil menemukan keberadaan mereka. Ia menuntut agar Ata Bupu menyerahkan anak-anak tersebut untuk dijadikan santapan. Ata Bupu mencoba bernegosiasi dan meminta Ata Polo menunggu hingga anak-anak itu tumbuh dewasa. Namun, ketika waktunya tiba, Ata Bupu tetap tidak tega menyerahkan mereka dan mencoba menyembunyikan mereka ke dalam bumi.

Kemarahan Ata Polo memicu pertempuran hebat yang mengguncang gunung. Bumi tiba-tiba terbelah dan menelan mereka semua. Ata Bupu yang bijaksana, Ata Polo yang haus darah, serta kedua anak yatim yang malang itu terkubur di dalam tanah. Tak lama setelah kejadian tersebut, muncul air dari dalam retakan bumi yang kemudian memenuhi kawah dan membentuk tiga danau dengan warna yang berbeda-beda.

Hingga saat ini, masyarakat suku Lio percaya bahwa ketiga danau tersebut adalah tempat bersemayamnya arwah-arwah:

Tiwu Ata Mbupu dipercaya sebagai tempat berkumpulnya jiwa para orang tua yang bijak.

Tiwu Nuwa Muri Koo Fai menjadi tempat bagi jiwa muda-mudi yang meninggal di usia belia.

Tiwu Ata Polo diyakini sebagai tempat pembuangan bagi jiwa-jiwa yang semasa hidupnya berbuat jahat atau melakukan ilmu hitam.